اهلی‌سازی کاپراهیرکس در زاگرس مرکزی ایران مطالعۀ ژنتیک- باستان‌شناختی ژنوم میتوکندری بقایای بزسانان محوطۀ نوسنگی بدون سفال چیاسبز شرقی، استان لرستان

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموختۀ کارشناسی ارشد باستان‌شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکز

2 استادیار گروه باستان‌شناسی دانشگاه هنر اصفهان

3 دانشیار گروه ژنتیک پزشکی دانشگاه تربیت مدرس

چکیده

با توجه به شواهد جانور- باستان­شناسی، زاگرس مرکزی ایران همواره یکی از مناطق ابتدایی و مهم اهلی­سازی گونه­های مختلف جانوری، به عنوان یک مرکز مستقل اهلی­سازی بوده است. کاپرا هیرکس یکی از نخستین گونه‌هایی بوده که به نظر می‌رسد در حدود 10 هزار و 500 سال قبل، مراحل ابتدایی اهلی­سازی را در زاگرس ایران گذرانده و از آن زمان نقش مهمی در اقتصاد معیشتی انسان ایفا کرده است. پیشرفت چشمگیر علم ژنتیک افق‌های جدیدی از پیدایش خاستگاه و فرآیند اهلی­سازی این گونه در جنوب غرب آسیا نمایان کرده است. هدف از این مطالعه استخراج دقیق DNA باستانی از نمونة استخوان‌های بز نوسنگی و بررسی ناحیۀ فوق متغیر ژنوم میتوکندری(HVS)  از طریق تکنیک PCR بوده است؛ بنابراین، هدف اصلی این پژوهش، شناخت هاپلوتیپ­های نوسنگی و مقایسۀ آن‌ها با هاپلوتیپ­های استاندارد امروزی از طریق رسم درخت فیلوژنی است.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Domestication of Capra Hircus in Central Zagros Mountains of Iran, Based on Archaeogenetic Study of Goat Bone Samples from Pre-Pottery Neolithic Site of Cheea Sabz, Lorestan Provice

نویسندگان [English]

  • Farbod Haji Mazdarani 1
  • Morteza Hessari 2
  • Mohammad Taghi Akbari 3
1 MA in Archaeology, Islamic Azad University, Tehran Central Branch
2 Assistant Professor, Department of Archaeology, Islamic Art University, Esfahan
3 Associate Professor, Department of Medical Genetics, University of Tarbiat Modares
چکیده [English]

According to zooarchaeological evidence, Central Zagros as a center of domestication experienced independently the first step of livestock domestications. It seems that Capra hircus have been domesticated about 10,500 B.C in Central Zagros and since then, has played a key role in the food economy of this region. Outstanding development of genetics shed new lights on the origins of goat and domestication process of this species in southwestern Asia. The aim of this study was a pure extraction of ancient DNA and then amplification of hypervariable segment of mtDNA through PCR technique. Then the prime query of this research was recognition of Neolithic goat haplotypes and their comparison with the modern standard haplotypes through phylogenetic tree.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Central Zagros
  • domestication
  • Capra hircus
  • mtDNA
  • Haplogroup

1-   مقدمه

در چند دهۀ اخیر، شواهد باستان­شناسی نشان داده است زاگرس مرکزی ایران یکی از ابتدایی­ترین و مهم‌ترین مراکز اهلی­سازی احشام بوده و در فرآیند نوسنگی شدن بخش شرقی هلال حاصلخیزی نقش مهمی ایفا کرده است. مطالعات باستان­شناسی جانوری بر این گواه است که در میان نخستین سم­سانان اهلی شده، گونۀ بز (کاپراهیرکس) (Capra hircus) در حدود 8500 تا 7000 ق.م در زاگرس ایران و قسمت‌هایی از آناتولی شرقی اهلی شده است Zeder and Hesse, 2000: 2254; Zeder 1999: 14)). در سال‌های اخیر علاوه بر شواهد باستان­شناسی و جانور باستان­شناسی، علم ژنتیک (مولکولی) نیز به عنوان ابزاری قدرتمند توانسته است خاستگاه بز و انتشار آن را در دنیای قدیم روشن کند و افق‌های جدیدی از مبحث اهلی­سازی این گونه نمایان سازد (Zeder, et al. 2006: 295). یکی از مهم‌ترین بخش‌های مورد مطالعۀ باستان‌شناسان، ژنوم میتوکندری (mtDNA(Mitochondrial DNA)) است. ژنوم میتوکندری تنها از طریق مادر به ارث می‌رسد و به علت فقدان روش بازخوانی DNA ، مقدار جهش (Mutation) در آن ده برابر DNA هسته­ای است. این ویژگی‌ها به شناسایی و تشخیص منشأ یک نسل بسیار کمک کرده و ژنوم میتوکندری را به نشانگر مناسبی برای پژوهش‌های تکامل نژادی مبدّل کرده است (Zeder et al., 2006: 296; Brown et al., 1979: 68).

یکی از قسمت‌های مهم این ژنوم، منطقۀ فوق متغیّر1(HVS I) 1 است که در ناحیۀ  D-loopقرار دارد و بخش غیر کدکنندۀ DNA میتوکندری (mtDNA) است. بسیاری از تحقیقات انجام شده در زمینۀ خاستگاه احشام (به­ویژه بز) بر روی این قسمت از ژنوم میتوکندری تمرکز داشته‌اند  (Zeder, et al., 2006: 295). از آغاز قرن 21 تاکنون، آنالیز منطقۀ فوق متغیّر1(HVS I)  متعلق به نمونه­های بز اهلی امروزی، به شناخت شش هاپلوگروپ اصلی بز در دنیای مدرن منجر شده است که از آن‌ها به نام‌های A، B، C، D، F و G یاد می‌شود (Naderi, et al., 2008: 17659). در این تعریف باید اضافه کرد هر هاپلوگروپ مجموعه­ای از هاپلوتیپ­هایی است که یک جدّ مشترک دارند، اما هاپلوتیپ­­ها گونه­های مختلف یک توالی هستند که مجموعه­ای منظم از نوکلئوتیدهای جایگزین در مناطق چندشکلی (Polymorphism) آن­ها را نمایان می­کند.(Baca and Molak, 2008: 39)؛ از این رو هدف اصلی، ارزیابی و مقایسۀ هاپلوتیپ­های ژنوم میتوکندری بزسانان نوسنگی و پیدایش خاستگاه ژنتیکی اهلی­سازی آن در زاگرس مرکزی بوده است. هدف از این مطالعه استخراج دقیق DNA باستانی و سپس مقایسۀ فیلوژنی سکانس‌های فوق متغیر1 نوسنگی با نمونه­های امروزی به منظور شناسایی هاپلوگروپ بزسانان نوسنگی است.

 

2-  معرّفی محوطۀ چیاسبز

باتوجه­ به شواهد باستان­شناسی، زاگرس مرکزی یکی از مناطق ابتدایی و مهم آغاز دورۀ نوسنگی و اهلی­سازی در جنوب غرب آسیا بوده است. رود سیمره و نواحی پیرامون آن در زاگرس مرکزی با دارا بودن محوطه­های فراپارینه­سنگی و نوسنگی، جایگاه ونقشمهممنطقهرادر مطالعات باستان­شناسی و اهلی­سازی روشن می­کند. یکی از مهم‌ترین محوطه­های باستانی دورۀ نوسنگی بدون سفال، محوطۀ «چیاسبز شرقی» در درۀ سیمره است که به هزارۀ نهم و هشتم ق.م تعلق دارد. این محوطۀ نوسنگی در کنار رودخانۀ سیمره واقع در درۀ سیمره در استان لرستان قرار دارد. گاهنگاری نسبی و مطلق نشان می‌دهد در این ناحیه از اواسط هزارۀ نهم ق.م تا اواسط هزارۀ هشتم ق.م سکونت وجود داشته است (Darabi, et al. 2011: 260). این محوطه به خاطر موقعیت مکانی و زمانی خود، جزء مهم‌ترین محوطه‌هایی است که در پیدایش خاستگاه اهلی­سازی بزسانان (به­ویژه بز) نقش داشته است؛ چرا که ساختار توپوگرافی منطقه نشان­دهندۀ یکی از غنی‌ترین مناطق بین­کوهی برای تغذیۀ جانوران، به­ویژه سم­سانان است (نقشۀ 1). شواهد جانور­باستان­شناسی این ناحیه حاکی از وجود درصدفراوانیازبزسانان،به­ویژهکاپراهیرکساست که به نظر می‌رسد این محوطه در مراحل ابتدایی اهلی­سازی و یا مرحلۀ گذار از شکارورزی به اهلی­سازی قرارداشته است. اگرچه نمونه­های لایه­های تحتانی هنوز به طور کامل تاریخ­گذاری نشده، گزارش اولیۀ حفاری در این ناحیه نمایانگر چهارده مرحلۀ استقرار نوسنگی بدون سفال است که نشان می‌دهد سکونت در این منطقه مستمر بوده و هیچ آثاری از فترت بین لایه­های مختلف استقراری به دست نیامده است. نتایج آنالیز جانورباستان­شناسی مجموعۀ استخوانی چیاسبز هنوز به طور کامل به چاپ نرسیده، اما مطالعات اولیه، این ناحیه را در میان ابتدایی‌ترین و مهم‌ترین مناطق اهلی­سازی در زاگرس مرکزی و حتی قوس شرقی هلال حاصلخیزی قرار داده است (حصاری، 1389: 10).

 

3-  موادّ و روش‌ها

3-1- بقایای استخوان جانوری: بیشتر مجموعه بقایای استخوانی محوطۀ چیاسبز به صورت پراکنده و خردشده به دست آمده است که این شکل غیرطبیعی می‌تواند حاکی از نوعی الگوی قصابی در این ناحیه باشد؛ به طوری که بعضی از بقایای استخوانی در حد شناسایی گونه و حتی عضو جانوری بوده­اند(Darabi, et al. 2011: 258). برای آنالیز دقیق‌تر نمونه­های ابتدایی بز در این محوطه و خاستگاه آن در زاگرس مرکزی، نمونه­برداری از لایه­های تحتانی انجام شد تا تصویر روشن‌تری از اهلی­سازی بز در این ناحیه داشته باشیم؛ چرا که به نظر می‌رسد بز در لایه­های فوقانی با قدمت میانۀ هزارۀ هشتم به طور کامل اهلی شده و یا مراحل ابتدایی     اهلی­سازی را گذرانده باشد (حصاری، 1389: 11)؛ بنابراین، متخصصان آناتومی به منظور آزمایش­های ژنتیک از مجموعۀ استخوانی این محوطه، پنج نمونۀ سالم و قابل شناسایی از لایه­های تحتانی انتخاب کردند.

3-2- استخراج DNA باستانی،PCR  و سکانس: نمونه­برداری و استخراج DNA  از بقایای باستانی چیاسبز طی مراحل خاصی انجام شده است ( 1139 :Cooper and Poinar, 2000) که به طور خلاصه به آن اشاره می‌شود: 1- برای اجتناب از DNA مدرن و آلودگی‌های احتمالی حین حفاری و جابه­جایی، نمونه‌ها ابتدا با آبِ دو بار تقطیر شسته و سپس به مدت 5 دقیقه درون آب ژاول قرار داده شدند تا خاک، رسوبات و ناخالصی‌های آن جدا شود؛ 2- سطح بیرونی استخوان‌ها با استفاده از ابزار پزشکی تا میزان 5 میلی­متر برداشته شد و سپس به مدت 30 دقیقه در تمامی جهات در زیر اشعۀ UV قرار گرفتند؛ 3- نمونه‌ها با استفاده از یک هاون آزمایشگاهی استریل به پودر تبدیل شدند. استخراج DNA باستانی با یک کیت آزمایشگاهی2 انجام پذیرفت. برای تکثیر منطقۀ فوق متغیّر1 (HVS I)پرایمر زیر استفاده شد:

F (5-CGTGTATGCAAGTACATTAC-3)

و

R (5-CTGATTAGTCATTAGTCCATC-3)

 

شرایط آزمایشی PCR بعد از چند مرحلة آزمون و خطا طبق جدول 1 تنظیم شد.

جدول 1

نام مرحله

نام لاتین

دمای مورد نظر

مدت زمان

1- واسرشته سازی اولیه

Initial Denaturation

95 درجه سانتیگراد

5 دقیقه

2- واسرشته سازی

Denaturation

95 درجه سانتیگراد

50 ثانیه

3- اتصال آغازگر

Annealing

60 درجه سانتیگراد

50 ثانیه

4- بسط آغازگر

(30سیکل مرحله2 تا 4)

Extension

72 درجه سانتیگراد

50 ثانیه

5- بسط نهایی آغازگر

Final Extension

72 درجه سانتیگراد

10 دقیقه

شرایط دمایی آزمایش PCR

 

حجم کلی PCR 30 میکرولیتر است که حجم DNA را نیز شامل می­شود. آنچه در میزان DNA غیر عادی به نظر می‌رسد، مقدار 5 میکرولیتر DNA است؛ چرا که به علت قدمت زیاد نمونه‌ها، غلظت DNA استخراج شده کم بوده و برای دستیابی به نتایج مطلوب از DNA بیشتری استفاده شده است. حجم کلی PCR طبق مقادیر جدول 2 انجام گرفته است.

                                                                                جدول 2

PCR buffer 1X

Forward Primer 10pM

Reverse  Primer 10pM

MgCl2 50mM

dNTP 10mM

Taq 1U/µl

DNA 0/8 ng/µl

H2O (Up to final volume 30 µl)

غلظت مواد به کار رفته در آزمایش PCR

 

طول قطعات تکثیر شده 620 باز است، برای مشاهدۀ کارکرد تکنیک PCR، محصول  PCRبه روی ژل پلی آکریلامید %12 برده شد و پس از مشاهدۀ تک باند اختصاصی (شکل 1)، نمونه­های مذکور را شرکت ماکروژن3 با روش سانگر سکانس کرده است (شکل 2).

تمامی مراحل آماده­سازی پودر استخوان، استخراج و PCR با رعایت نکات ذیل انجام شده است:

1-     استخراج DNA باستانی و آنالیز PCR در مکان‌های جدا و عاری از هرگونه DNA بز مدرن و باستانی صورت گرفته است؛

2-     هیچ‌گونه آلودگی هنگام استخراج و PCR نمایان نشد؛ چرا که نمونة PCR شامل کنترل NTC  بود تا آلودگی‌های احتمالی زیر نظر گرفته شود؛

3-     در تمامی مراحل از ماسک صورت و دستکش استریل و پوشش کامل بدن برای اجتناب از آلودگی DNA مدرن استفاده شده است؛

4- تمامی ابزارآلات آزمایشگاهی به­کار گرفته شده در این تحقیق، مختص آزمایش­های نمونه­های باستانی بوده‌ است.

3-3- آنالیز سکانس (توالی): سکانس نمونه­های باستانی چیاسبز با استفاده از نرم­افزار سیکمن (Seqman II v5.00) آنالیز و ویرایش شده و با مقایسه با دیگر سکانس‌های فوق متغیر­1 (HVS I) بز مدرن در مرکز ملی اطلاعات زیست­- فن­آوری )­NCBI­( درخت فیلوژنی با نرم­افزار مگا (Mega 4 v4.00) رسم شده است (شکل 3).

 

4-    رسم و توصیف درخت فیلوژنی

بررسی سکانس‌های نوسنگی چیاسبز و مقایسۀ آن‌ها با نمونه­های بانک ژن نشان­دهندۀ حفظ DNA باستانی در شرایط اقلیمی درۀ سیمره است؛ چرا که در هر پنج نمونه قرابت بسیار زیاد سکانس‌ها (%98) از طریق بلاست4 (Blast) نمایان شد. درخت فیلوژنی این تحقیق با روش اتصال همسایگی (Neighbourjoining) با در نظر گرفتن شاخص Bootstrap 1000 با استفاده از نرم­افزار مگا (Mega 4 v4.00) رسم شد. برای رسم درخت فیلوژنی علاوه بر سکانس‌های نوسنگی، از 22 سکانس مرجع استفاده شده است که متعلق به شش هاپلوگروپ اصلی و تعریف­شدۀ بز امروزی هستند. این سکانس‌های مرجع در مطالعات قبلی مورد تأیید و آنالیز قرار گرفته­اند و مرجعی جهانی به حساب می‌آیند (Han, et al. 2010: 43, Naderi, et al. 2007: 8).

رسم درخت فیلوژنی با پنج سکانس نوسنگی چیاسبز و 22 سکانس مرجع، نشان­دهندۀ شش هاپلوگروپ اصلی است که در آن نمونه­های مدرن، درون شش خوشۀ اصلی درخت (هاپلوگروپ) و سکانس‌های نوسنگی با نام اختصاری(PPN 1-5) 5 درون هاپلوگروپ A قرار گرفته‌اند (شکل 3). هاپلوگروپ A شامل پنج هاپلوتیپ نوسنگی و شش هاپلوتیپ بز مدرن است و دیگر خوشه­های اصلی درخت به ترتیب، به هاپلوگروپ­های D (3 هاپلوتیپ)، G (3 هاپلوتیپ)، B (4 هاپلوتیپ)، C (4 هاپلوتیپ)، F (2 هاپلوتیپ) تعلق دارند. میزان اعتبار خوشه­های اصلی (هاپلوگروپ­ها) درخت فیلوژنی را Bootstrap > 90% تأیید کرده است.

 

5-    بحث و نتیجه

تحقیقات قبلی بر روی بخش فوق متغیر1 ژنوم میتوکندری بز مدرن، به شناسایی شش گروه متفاوت میتوکندری (هاپلوگروپ) منجر شد. نخستین هاپلوگروپ­های شناسایی شده به نام‌های A، B و C بوده‌اند؛ به طوری که هاپلوگروپ A با بیشترین پراکنش جغرافیایی و جامعۀ آماری در دنیا، هاپلوگروپ B فقط در شبه­قارۀ هند و چین و هاپلوگروپ C نیز با تعداد بسیارکم، تنها در کشورهای اسلوونی، سوئیس و مغولستان نمایان شدند  .(Luikart, et al., 2001: 5929)

 مطالعات جدیدتر باعث شد تا هاپلوگروپ­های دیگری به نام‌های D، F و G یافت شوند؛ بدین­ترتیب که D به طور محدود در پاکستان، چین و هند یافت شد، مادامی­که F وG  با تعداد کلّی بسیار کم در کشورهای پاکستان، هند، اسپانیا و ایتالیا وجود داشته است.(Han, et al. 2010: 42; Naderi, et al. 2007: 2; Sultana, et al. 2003: 420; Sardina, et al. 2006: 376; Joshi, et al. 2004: 456; Mannen, et al. 2001: 153)

 در این مطالعه مقایسۀ هاپلوتیپ­های نوسنگی چیاسبز با هاپلوتیپ­های مدرن در درخت فیلوژنی، نشان می‌دهد که نمونه­های نوسنگی درون هاپلوگروپ A قرار گرفته‌اند. مطالعات ژنتیکی نشان داده است انتشار این هاپلوگروپ در دنیای قدیم تقریباً از زمان نخستین اهلی­سازی بز در خاور نزدیک (حدود 10 هزار سال قبل) آغاز شده است (Luikart, et al., 2001: 5927). پیدایش هاپلوگروپ A در دورۀ نوسنگی زاگرس ایران را می‌توان به پیدایش خاستگاه این هاپلوگروپ در قسمت شرقی هلال حاصلخیزی نسبت داد؛ چرا که پیش‌تر بر اساس مطالعات جانورباستان­شناسی نیز شواهد اولیة اهلی­سازی بز در کوه­های زاگرس ایران به دست آمده است .(Zeder, 2005: 143; Zeder and Hesse, 2000: 2254) علاوه بر هاپلوتیپ­های چیاسبز، در مطالعۀ دیگری، دو سکانس بز باستانی از ناحیة تپه قبرستان در دشت قزوین (دورۀ مس و سنگ) متعلق به هاپلوگروپ A به دست آمده است Fernandez, et al. 2005: 53)). اگرچه دشت قزوین با فاصلۀ چند صد کیلومتری از زاگرس مرکزی و آناتولی قرار دارد که دارای ابتدایی‌ترین شواهد اهلی­سازی و رمه­داری بز هستند، پیدایش هاپلوگروپ A بز در این منطقۀ جغرافیایی حاکی از آن است که نسل A بز پس از طی فرآیند اهلی­سازی ابتدایی در غرب ایران (به­ویژه زاگرس مرکزی) درون فلات مرکزی ایران منتشر شده است (نقشۀ1). این فرآیند ناشی از این است که گروه­های انسانی بز را جابه­جا کرده­اند؛ چرا که بز از ابتدای دورۀ نوسنگی تاکنون نقش بسیار مهمی در اقتصاد معیشتی آن­ها ایفا کرده است .(Porter, 1996: 124)

از سوی دیگر، مطالعات ژنتیکی اثبات کرده است بز وحشی کاپرا ایگگروس (Capra aegagrus) نزدیک‌ترین و قوی‌ترین نمایندة ژنتیکی، به عنوان اجداد بز اهلی امروزی است (Mannen, et al. 2001: 153). بررسی ژنوم میتوکندری نمونه­های بز وحشی و اهلی مدرن نشان داده است که خاستگاه نسل A بز به احتمال زیاد در شرق ترکیه قراردارد (Naderi, et al. 2008: 17663). در این منطقه همچنین شواهد       جانورباستان­شناسی نیز نشان می‌دهد ابتدایی‌ترین اهلی­سازی بز در مناطق نوالی­چوری(Peters, et al. 2005: 120; Peters, et al. 1999: 40) و چای­اونو رخ داده است .(Hongo and Medow, 2000: 130)

اگرچه هاپلوگروپ A در میان بزهای وحشی (به عنوان اجداد بز اهلی) مدرن فلات مرکزی و زاگرس ایران ناپدید شده­اند و تنها در شرقی‌ترین بخش ایران به چشم می‌آیند و بر اساس پیدایش نسل A در میان بزهای وحشی شرق ترکیه، خاستگاه اهلی­سازی این هاپلوگروپ به این منطقه نسبت داده شده است(Naderi, et al. 2008: 17661)، بر اساس وجود هاپلوتیپ­های نوسنگی چیاسبز در این تحقیق، این ایده بیان می‌شود که زاگرس مرکزی نیز به عنوان مرکز مستقل اهلی­سازی، توانایی بالقوة اهلی­سازی و انتشار هاپلوگروپ A را در فلات مرکزی ایران و دنیای قدیم داشته است؛ چرا که شواهد باستان­شناسی نیز زاگرس ایران را با فاصلۀ بسیار طولانی از شرق ترکیه، به عنوان مرکز مستقل اهلی­سازی معرفی کرده است (نقشۀ1).

درخت فیلوژنی این مطالعه نشان می‌دهد پیدایش هاپلوگروپ A در درۀ سیمره (زاگرس مرکزی)     نشان­دهندۀ اهلی­سازی ابتدایی این نسل بز و انتشار آن از این خطۀ جغرافیایی است. بدین­ترتیب، با قطعیت و اطمینان بیشتری می‌توان از آغاز پراکنش نسل A بز در دنیای قدیم سخن گفت؛ چرا که پژوهشگران آغاز انتشار هاپلوگروپ بسیار گستردۀ A را هم­زمان با شروع اهلی­سازی اولیه (حدود 10 هزار سال قبل) می‌دانند. پیدایش نسل A بز در محوطۀ نوسنگیِ بدون سفالِ چیاسبزِ شرقی بر نتایج تحقیقات قبل صحه می‌گذارد. امروزه بیش از %90 بزهای اهلی دنیا متعلق به هاپلوگروپ A هستند و این نسل دارای بیشترین پراکنش جغرافیایی در نقاط مختلف دنیاست. این پژوهش، نخستین بررسی ژنوم میتوکندری بزسانان زاگرس مرکزی است و تحقیقات مولکولی بیشتر بر روی بقایای استخوان جانوری مناطق نوسنگی در زاگرس مرکزی و جنوبی و همچنین نواحی مس و سنگ فلات مرکزی می‌تواند درک بهتر خاستگاه اهلی­سازی احشام را سبب شود.

 

تشکّر و قدردانی

از آقای مهندس کاظم چاووشی­پور، تکنیسین بخش آناتومی دانشکدۀ دامپزشکی دانشگاه تهران و نیز کارکنان گرامی آزمایشگاه ژنتیک پزشکی تهران به خاطر همکاری صمیمانه‌شان بسیار سپاسگزاریم.

 

پی­نوشت

1. Hypervariable Segment I

2. GeneClean kit for ancient DNA (MP Biomedicals, USA)

3. Macrogene Company, South Korea

4. Basic Local Alignment Search Tool

5. Pre-Pottery Neolithic

ضمائم

 

 

نقشۀ 1. پیدایش هاپلوگروپ A باستانی در زاگرس مرکزی و دشت قزوین. حضور هاپلوگروپ A بز وحشی امروزی (به عنوان اجداد بز اهلی) در آناتولی شرقی و شرق ایران

 

 

 

 

شکل 1. محصولات PCR به همراه سایز مارکر 50bp بر روی ژل آکریلامید.

(ستون Goat  نمونۀ بز نوسنگی، ستون   NTCبرای کنترل آلودگی و

 ستون control نمونه بز امروزی به عنوان کنترل مثبت)

 

 

شکل 2.  بخشی از تعیین توالی یکی از نمونه­های نوسنگی

 

شکل 3. درخت فیلوژنی (تکامل نژادی)

حصاری، مرتضی، (1389)، «گزارش مقدماتی کاوش محوطۀ چیاسبز شرقی» (منتشر نشده)، سازمان میراث فرهنگی کشور، پژوهشکدۀ باستان­شناسی.
     Baca, M. and Molak, Martyna,  2008, Research on ancient DNA in the Near East. Bioarchaeology of the Near East 2, 39-61.
Brown W.M., George M. Jr., Wilson A.C., 1979, Rapid evolution of animal mitochondrial DNA,Proceedings of the National Academy of Sciences USA 76 (4):1967-1971.
Cooper, A. and Poinar, H., 2000, Ancient DNA: do it right or not at all. Science 289: 1139.
Darabi, H., Naseri, Reza., Young, R., Fazeli. 2011, The absolute chronology of East Chia Sabz, a pre-pottery Neolithic site in Western Iran, Documenta Praehistorica XXXVIII: 255-265.
     Ferndndez, H., P. Taberlet, M. Mashkour, J.-D. Vigne, and G. Luikart, 2005, Assessing the origin and diffusion of domestic goats using ancient DNA, In: J.D. Vigne, J. Peters, and D. Helmer (eds.), The first steps of animal domestication, 9th ICAZ Conference, Durham 2002, Oxford, Oxbow Books: 50-54.
Han. L., Yu, H., Cai, D., Shi, H., Zhu, H., Zhou, H, 2010, Mitochondrial DNA analysis provides new insights into the origin of The Chinese domestic goat, Small Ruminant Research 90: 41-46.
Hongo, H. and Meadow, R. H., 2000, Faunal remains from Prepottery Neolithic levels at Çayönü, southeastern Turkey: A Preliminary Report Focusing on Pigs (Sus sp.), In M. Mashkour, A.M. Choyke and H. Buitenhuis (eds.), Proc. 4th Int. Symp. on Archaeozoology of Southwestern Asia and adjacent areas (Archaeological Research and Consultancy, Publication 32, Groningen, The Netherlands): 121- 140.
Joshi, M.B., Rout, P.K., Mandal, A.K., Tyler-Smith, C., Singh, L., Thangaraj, K., 2004, Phylogeography and origin of Indian domestic goats, Mol. Biol. Evol 21, 454-462.
Luikart, G., Gielly, L., Excoffier, L., Vigne, J.D., Bouvet, J., Taberlet, P. 2001. Multiple maternal origins and weak phylogeographic structure in domestic goats, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 1998, 5927-5932.
     Mannen, H., Nagata, Y., Tjusi, S., 2001, Mitochondrial DNA reveal that domestic goat (Capra hircus) are genetically affected by two subspecies of Bezoar (Capra aegagurus). Biochemical Genetics, 39 (5-6), 145-154.
Naderi, S., Rezaei, H.R., Taberlet, P., Zudel, S., Rafat, S.A., Naghash, H.R., El-Barody, M.A., Ertugrul, O., Pompanon, F, 2007, Large-scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity, PLoS ONE 2 (issue 10): 1-12.
Naderi, S., Rezaei H.R., Pompanon, F., Blum, M.G.B., Negrini, R., Naghash, H.R., Balkiz, O., Mashkour, M., Gaggiotti, O.E., Marsan, P.A., Kence, A., Vigne, J.D., Taberlet, P, 2008, The goat domestication process inferred from large-scale mitochondrial DNA analysis of wild and domestic individuals, Pnas vol 105 (no 4b):17659-17664.
Peters J., Helmer D., von den Driesch A., San a-Segui M, 1999, Early animal husbandry in the Northern Levant, Paleorient 25(2), 27- 48.
Peters J., von den Driesch A., Helmer D., 2005, The Upper Euphrate-Tigris basin, cradle of agro-pastoralism?. In: J.D. Vigne, D. Helmer and J. Peters, (eds.), The first steps of animal domestication: new archaeozoological approaches, Oxbow Books, Oxford, 96-124.
Porter, V., 1996, Goats of the World, Farming Press, Ipswich, UK.
Sardina, M.T., Ballester, M., Marmi, J., Finocchiaro, R., van Kaam, J.B.C.H.M., Portolano, B., Folch, J.M., 2006, Phylogenetic analysis of Sicilian goats reveals a new mtDNA lineage. Animal Geneicst, 37, 376-378.
Sultana, S., Mannen, H., Tsuji, S, 2003, Mitochondrial DNA diversity of Pakistani goats, Animal Genetics 34, 417-421.
Zeder, M.A, 1999, Animal domestication in the Zagros: a review of past and current research. Paleorient 25, 11-25.
Zeder, M.A., Hesse, B., 2000, The initial domestication of goats (Capra hircus) in the Zagros Mountains 10,000 years ago, Science 287:  2254-2257.
Zeder, M.A., 2005, A view from the Zagros: new perspectives on livestock domestication in the Fertile Crescent, In: J.D. Vigne, J. Peters and D. Helmer, (eds.), New methods and the first steps of animal domestications, Oxbow Press: 125-147.
Zeder, M.A., Bradley, D.G., Emshwiller, E., Smith, B.D, 2006, Documenting domestication, new genetic and archaeological paradigms, University of California Press, Ltd. London, England, Chapter 20: 294-305.